番号SSNI-990的故事情节集中在梦乃爱华(Aika Yumeno,夢乃あいか)身上，她是一位精英搜查官，以其冷静的头脑和强大的直觉而闻名。故事从一个案件展开，案件涉及一款新型药物，这种药物引发了一系列神秘的疾病，并迅速在市面上蔓延开来。警方苦于找不到源头，于是将案件交给了经验丰富的梦乃爱华。作为一位久经沙场的搜查官，她并未急于出手，而是花时间深入分析现有的证据。
梦乃爱华在调查的过程中了解到，这款药物并非普通的街头毒品，其配方复杂、效果特殊，甚至会对人产生精神上的影响。多年来，她见过形形色色的案件，遇过无数次险境，但这一次，案件的棘手程度令她不得不小心行事。为此，她决心追查这款药物的研发者。经过一番深挖，她锁定了一个名字——晴树健，一位在学术圈拥有惊人声誉的天才药物研究者。
晴树健自小天资聪颖，是个典型的“问题天才”，他曾攻读多个领域的学位，还发表了不少突破性的研究成果。然而，他不安分的性格和对权威的不屑使得他在学术界树敌颇多。后来，晴树因某些不为人知的原因离开了正统的学术研究，逐渐消失在公众视野中。许多圈内人认为他隐居起来继续实验，甚至有人传言他在秘密研发某种新型药物。梦乃爱华敏锐地意识到，晴树健的名字绝非偶然出现，他一定和这次案件有关。
要找到晴树健并非易事。他似乎早已预料到自己会成为被追查的目标，因此行踪隐秘，几乎没有留下任何足迹。梦乃爱华花了很长时间搜集蛛丝马迹，最终得知晴树可能藏身于一个废弃工厂内，这个地方位于城市的边缘，人迹罕至，既隐秘又不易察觉，简直就是实验的理想场所。
为了避免打草惊蛇，梦乃爱华决定独自行动。在夜色的掩护下，她潜入了工厂。工厂内的光线昏暗，只有偶尔闪烁的灯光。空气中弥漫着奇异的化学气味，令人不安。她一步步靠近，耳边只剩下自己的脚步声和心跳。走到深处，她看到了一间实验室，里面的仪器复杂而陌生，桌面上散落着各种试剂瓶和文件。就在此时，她听到身后传来轻微的脚步声，转身便看到晴树健正注视着她，脸上带着一丝莫测的微笑。
两人之间的对话是一场无声的较量。晴树健显然对自己的研究成就感到自豪，他认为自己所做的是突破传统科学界限的尝试，甚至声称这种药物可以带来人类的进化。梦乃爱华并不为所动，她早已看穿晴树所谓的“进化”只是制造混乱的借口。在对峙中，晴树健试图劝说她，试图让她相信自己的理念。然而，梦乃爱华坚定地拒绝了他的荒谬理论，并决定将他绳之以法。
晴树见无法说服她，决定破釜沉舟。他按下了实验台上的一个按钮，顿时警报声四起。原来他早已布下机关，一旦触发便会启动工厂的自毁程序。梦乃爱华意识到自己必须尽快逃出这里，否则将与工厂一同化为灰烬。然而，她也不愿让晴树健逃脱。于是，她决定和他展开一场生死较量。
两人之间的战斗既是体力的较量，也是智慧的比拼。晴树虽然体能不及梦乃爱华，但他熟悉工厂内部的结构，不断利用机关和陷阱来阻碍她。尽管如此，梦乃爱华凭借过人的应变能力，一一避开险境，逐步逼近晴树。就在她即将将其制服之际，晴树突然将最后一瓶未完成的药物注入自己的体内。随着药物的作用，晴树的状态变得狂躁，他的力量和速度骤增，但理智却逐渐失控。
这场战斗变得更加激烈，梦乃爱华不敢掉以轻心，全力以赴应对。她在工厂内部艰难地周旋，寻找着能够制服晴树的机会。最终，在一阵激烈的搏斗后，梦乃爱华用一根钢筋将晴树击倒，成功将他制服。伴随着工厂的自毁程序倒计时，梦乃爱华艰难地将晴树拖出工厂，并最终将其交给了警方。
案件尘埃落定，但这段经历对梦乃爱华而言是一次深刻的震撼。她意识到，科学的力量一旦被滥用，后果将不堪设想。
案件结束后，梦乃爱华陷入了长时间的沉思。虽然她已经无数次面对罪犯，但这次与晴树的交锋让她更加清晰地认识到，人性和科技结合在一起时所能带来的危险。晴树健并不是一个典型的罪犯，他拥有令人敬畏的智慧，甚至有某种理想。然而，这份理想因极端的信念而变得扭曲，将科学的本质置于危险的边缘。
回到局里，梦乃爱华向上级提交了详尽的报告，详细描述了晴树健的实验和这款药物可能带来的风险。她深知，这场较量远未真正结束，社会上依旧有许多人对这种“进化”的迷思抱有幻想，而犯罪分子往往利用人们的弱点和不安，制造出各种所谓的“捷径”去控制或伤害他人。对她而言，这个案件不仅是一次胜利，更是对职责的再确认。
在处理完所有的手续后，梦乃爱华(Aika Yumeno,夢乃あいか)走出警局，望着繁忙的街道，心中默默下定决心：无论未来面对怎样的危险，她都会继续战斗下去，用自己的力量守护这个城市。
